Setelah Naruto mengalahkan Kakuzu, sempat diperlihatkan ada ninja-ninja berjatuhan dan ditengah tengah para ninja diperlihatkan Sasuke sedang duduk dan berbicara bersama Orochimaru. Orochimaru berkata Sasuke masih memiliki belas kasihan karena tidak membunuh para ninja-ninja tersebut. Namun Sasuke dengan tenang menanggapi kata-kata orochimaru dengan berkata bahwa ninja-ninja tersebut bukan yang ingin dia bunuh. dan setelah itu disorot kembali ke Naruto dan Sakura sedang berbincang-bincang di Ichiraku Ramen. Naruto mengalami sedikit cedera tangan akibat terlalu banyak memakai Rasenshuriken. lalu mereka berdua jadi mengenang masa lalu.
Kembali kepada Sasuke dan Orochimaru, saat Kabuto sedang berbicara pada Orochimaru bahwa tubuh itu tidak bisa menahannya begitu lama, setelah Kabuto meninggalkan Orochimaru sejenak mendadak Sasuke datang menjebol pintu Orochimaru dan menyerang Orochimaru secara tiba-tiba. Sasuke menjelaskan bahwa sudah tidak ada yang bisa didapati lagi dari Orochimaru sebab Orochimaru lebih lemah daripada dia yang sekarang dan akhirnya dengan pedang kusanagi dan pedang listrik milik sasuke tersebut menghunus Orochimaru dan tubuh Orochimaru pun tewas. namun ternyata Orochimaru menunjukkan wujudnya yang sesungguhnya yaitu wujud ular putih.
Sasuke pun menghadapi Orochimaru dengan sungguh-sungguh dan menggunakan joutai 2nya. tiba-tiba Orochimaru terkenang masa lalu dan mengingat saat kematian kedua orang tuanya dan Orochimaru mengambil tubuh Sasuke dalam tubuh Orochimaru ada dimensi lain yang digunakan untuk mengambil tubuh orang lain. hal ini pernah terjadi pada Itachi namun Orochimaru gagal mendapatkannya karena sharingan Itachi yang terlalu kuat. Setelah itu, ular tersebut memuntahkan tubuh Sasuke. Masih dipertanyakan apakah itu Sasuke atau Orochimaru. Namun ternyata itu adalah Sasuke yang berhasil lolos dari Orochimaru dengan menggunakan sharingannya.jadi setelah kalahnya orochimaru .
Pencarian Itachi:
Sasuke berjalan ke laborotarium Orochimaru dan membebaskan satu eksperimen yang bernama Suigetsu. Lalu sasuke dan Suigetsu pergi untuk mengambil pedang Zabuza. Mereka pergi ke penjara milik Orochimaru yang dijaga oleh Karin, setelah Sasuke menyuruh Suigetsu untuk membebaskan para tawanan, lalu Karin pergi bersama Sasuke dan suigetsu. sasuke sedang mencari satu orang lagi untuk diajak bergabung dengan teamnya, yang bertujuan untuk membunuh Itachi. satu orang lagi tersebut diperkirakan Juugo.
Juugo keras kepala dan menyerang Sasuke dengan joutai 2 nya. Dia mengubah tangannya menjadi besar dan menyerang Sasuke namun ditahan oleh sayap milik Sasuke, Suigetsu datang dan bertarung melawan Juugo. Juugo mengubah tangannya mnjadi kapak dan menghadapi pedang Zanbato milik Suigetsu (yg dulunya milik Zabuza). Tiba-tiba Sasuke mengeluarkan dua ular dan berkata "bagaimana kalau aku membunuh kalian berdua". Mereka berdua berhenti bertarung. Juugo menjadi ketakutan dan berkata "kunci pintunya !! Aku tidak ingin membunuh lagiii!!". saat Sasuke mau menenangkan hati Juugo.. Karin menjelaskan bahwa hanya Kimimaro yang dapat menenangkan hati Juugo. Hanya Kimimaro yang berhasil melawan juugo tanpa terluka. Akhirnya ketika juugo mengetahui bahwa orang yang mengajaknya bergabung itu Uchiha Sasuke.
Sasuke menjelaskan bahwa nama timnya "Hebi" yg artinya ular. Tujuan utamanya adalah "Uchiha Itachi." Masing-masing punya tujuan tersendiri. Sasuke bertujuan membunuh Itachi. Suigetsu bertujuan mendapatkan Samehada yg merupakan pedang milik Kisame. Karin bertujuan untuk bersama dengan Sasuke dan membantu Sasuke. Juugo bertujuan untuk melihat seberapa kuat Shinobi seperti Sasuke dan disisi lain Naruto yang mengetahui Sasuke telah mengalahkan Orochimaru juga berniat mengejar Itachi untuk bisa mengetahui tentang Sasuke. Saat itu disorot potongan Itachi sedang berdiri disuatu tebing bersama Kisame sambil memandangi hujan dan berkata "nampaknya akan ada badai".
Sementara itu, di markas Akatsuki anggota yang tersisa memutuskan untuk mencari Naruto langsung dan membereskan mereka. Karena ketua Akatsuki melihat kalau ninja dari Konoha merupakan ancaman serius bagi mereka, belum lagi pleton Sasuke yang mengincar Itachi. Mereka lalu bergerak berempat sekaligus untuk mencegah hal yang terjadi pada Hidan dan Kakuzu tidak terulang. Naruto yang sudah ingin segera menghabisi Itachi lalu diberi misi bersama tim barunya yang berjumlah 8 orang. Mereka diberi misi menangkap dan menginterogasi Itachi Uchiha. Tim tersebut berisikan Kakashi Hatake, Yamato, Sakura Haruno, Naruto Uzumaki, Sai, Kiba Inuzuka, Shino Aburame dan Hinata Hyuga.
Akhirnya mereka saling bunuh. Sasuke bertemu dengan tobi dan Deidara. Sedangkan Naruto tanpa diduga bertemu Kabuto yang juga tak disangka-sangka memberinya informasi. Dia lalu menunjukkan setengah wajahnya yang katanya sudah diintegrasikan dengan jiwa Orochimaru. Sasuke yang telah bertemu dengan deidara pun melakukan pertarungan tingkat tinggi. Deidara mengeluarkan sebuah jurus rahasianya yang ia katakan hanya ia pakai saat ia melawan itachi. Deidara memakan tanah liat miliknya dan membuat replika tubuhnya.
Sasuke yang melihat replika itu menyangka itu adalah bom besar, tapi ternyata itu adalah suatu bom yang membuat benda di sekitar daerah itu menjadi lenyap berkeping-keping. Sasuke yang sudah membaca jurus itu membuat duplikat seolah-olah ia terkena jurus itu. lalu ketika Deidara terkagum karena telah mengalahkan Sasuke, serangan mendadak langsung dilancarkan oleh Sasuke. Pertarungan mereka diakhiri dengan sebuah ledakan bunuh diri oleh Deidara. Naruto, kelompok Naruto dan juga anggota Akatsuki lainnya merasakan kekuatan dari chakra Deidara, Naruto dan kelompok lainnya segera menuju tempat ledakan itu. Suigetsu mengeluarkan gulungan yang bergambar ular seketika keluarlah Manda yang terkena genjutsu oleh Sasuke. Semnetara itu ketua Akatsuki bernama Pein dan anggota perempuan Akatsuki bertemu Uchiha Madara (Tobi) dan Uchiha Madara menyuruhnya untuk menangkap naruto. Sementara itu naruto bertemu itachi dan melawannya tetapi kalah namun ternyata itu hanya ilusi itachi.
Naruto dan rekan-rekan kemudian melanjutkan pencarian, dengan mengandalkan kagebunshin naruto. Tanpa disangka-sangka salah satu kagebunshin itu menemukan sasuke meskipun langsung dihancurkan sasuke dengan Chidori miliknya. Naruto yang menerima berita itu lewat pengalaman yang didapatkan kagebunshin kemudian meminta Hinata melacak sasuke dan tim segera melakukan pengejaran, namun ditengah perjalanan dihadang oleh Tobi.Naruto yang merasa diganggu langsung menyerang dengan Rasengan, namun tobi tidak terlihat mengalami cedera sedikitpun bahkan seperti hanya bermain-main. Sementara sasuke yang menemukan Itachi langsung memulai pertarungan dengan saling serang lewat genjutsu melawan Itachi. Di tengah pertarungan Itachi bercerita tentang pengguna Mangekyou Sharingan ke-3, yaitu Uchiha Madara, yang ternyata guru dari itachi. Itachi juga mengatakan bahwa pada malam pembantaian klan uchiha, dia juga dibantu oleh uchiha madara. Itachi menceritakan bahwa madara uchiha telah mempunyai kekuatan mangekyo yang sempurna setelah mengambil bola mata adiknya sendiri. Itachi pun memberitahukan kepada sasuke bahwa dirinya ingin mengambil bola mata sasuke sesuai yang gurunya ajarkan. Terdesak dalam pertarungan, itachi pun mengeluarkan amaterasu namun sasuke berhasil selamat menggunakan teknik orochimaru. Pertarungan semakin sengit sasuke menggunakan lightning jutsu yang di kembangkannya sendiri sementara itachi menggunakan teknik susano, setelah pertarungan yang sengit, itachi pun tewas namun sasuke pingsan.
Di lain tempat, Tobi sedang bertarung dengan kelompok delapan. Shino mengambil alih penyerangan terhadap Tobi. Tobi pun dikerumuni dengan ribuan serangga, namun setelah beberapa saat ia menghilang tanpa jejak. Lalu Hinata menemukannya di atas ranting pohon dengan Byakugannya, saat kelompok delapan masih berpikir keras tentang sosok tobi yang dapat menggunakan space travel time jutsu, muncul Zetsu yang memberitahukan pada Tobi bahwa pertandingan antara Sasuke dan Itachi telah selesai dan pemenangnya adalah Sasuke. Kelomok delapan pun terkejut mendengar hal tersebut. Kakashi melihat ke arah Tobi, dan ia melihat Sharingan di lubang topeng Tobi. Lalu Tobi dan zetsu seketika pergi dan menghilang. Kelompok delapan pun segera menuju ke tempat Sasuke dan Itachi dengan kecepatan penuh. Di tengah perjalanan mereka menghadapi rintangan api hitam Amaterasu, kapten Yamato membelah Amaterasu untuk dilalui. akhirnya kakashi mengeluarkan "mangekyo Sharingannya", untuk berpindah tempat dengan cepat, namun setelah sampai dengan Mangekyo mereka telah terlambat karena Sasuke dan Itachi telah dibawa oleh Zetsu dan Tobi.
Di sebuah gua yang gelap Sasuke terbangun dari pingsannya dan tampak kebingungan. saat itu tiba-tiba terdengar suara dari kegelapan gua. Suara tersebut berasal dari Tobi, Tobi pun mulai memperkenalkan diri dengan membuka topeng yang menjadi misteri selama ini. Walau belum terbuka sepenuhnya sudah terlihat sharingan milik tobi yang membuat Sasuke sangat terkejut melihatnya. Dalam keadaan terkejut, tanpa sengaja Sasuke mengeluarkan Amaterasu, Amaterasu itu pun langsung mengenai tangan kanan Tobi kemudian membakar seluruh tubuh Tobi tanpa sisa, anehnya beberapa saat kemudian dari dalam kegelapan gua, Tobi kembali muncul tanpa luka sedikitpun. Sasuke yang merasa aneh dengan apa yang telah dilakukannya terhadap Tobi, bertanya kepada Tobi dan Tobi pun menjelaskan kepada sasuke mengapa ia dapat mengeluarkan Amaterasu. Tobi menjelaskan bahwa Sasuke mendapatkan jurus tersebut karena sesaat sebelum kematiannya, Itachi memberikan seluruh jurusnya kepada Sasuke.Akhirnya tobi pun menjelaskan mengapa Itachi membunuh semua klan uchiha kecuali Sasuke. Tobi memberitahu beberapa alasan yaitu karena Itachi sebagai ANBU, konoha menyuruh ia untuk menghabisi semua klan uchiha,tapi ia tidak mampu membunuh adiknya sendiri,alasan yang kedua ia ingin sasuke menjadi shinobi yang kuat dengan cara membuat sasuke membencinya sehingga Sasuke Ingin membunuhnya.Sasuke mengenang masa lalunya bersama Itachi di pinggir laut, disana ada Karin, Jugo, Suigetsu dan Tobi. Sasuke membuat tim Baru Yang bernama Hawk dan tujuan baru mereka untuk menghancurkan Konoha . Setelah pembentukan tim eagle,maka tobipumn mengajak tim tersebut bergabung sengan akatsuki. Disisi lain naruto yang mengetahui bahwa jiraiya telah mati merasa sangat shock,namun kematian jiraiya meninggalkan kode rahasia jurus khusus untuk mdiberikan pada naruto. Fukasaku sang guru dari jiraiya mengetahui kemampuan dari naruto dan mengajarinya tekhnik sage untuk melebihi jiraiya dan mengalahkan pain akatsuki. Di tempat laintim eagle mengejar ekor delapan yang ternyata sangat kuat sekali.